Ninja Gaiden 3 - The Ancient Ship of Doom

Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom diễn ra giữa các sự kiện của Ninja Gaiden gốc và Ninja Gaiden II: The Dark Sword of Chaos. Câu chuyện mở đầu với Irene Lew, một trong những nhân vật chính trong hai tựa game Ninja Gaiden đầu tiên, một đặc vụ cho Cơ quan Tình báo Trung ương trong một nhiệm vụ gọi là "Hồng y". Cô bị một người đàn ông trông giống như Ryu Hayabusa đuổi theo đến một vách đá, khi bờ vực nhường chỗ, và Irene rơi xuống nước trước cái chết rõ ràng của cô. Ryu bị buộc tội giết người của Irene nhưng nói rằng đó không phải là anh ta, rằng đó là một người khác trông giống như anh ta đã cố gắng đóng khung anh ta. Đầu tiên anh ta điều tra một phòng thí nghiệm mà Irene đang điều tra. Sau khi đi qua phòng thí nghiệm, một người đàn ông bí ẩn xuất hiện và bảo Ryu đến pháo đài Castle Rock, nơi anh sẽ cung cấp cho Ryu thêm thông tin về Irene khi anh đến đó.