Mario Is Missing!

Người chơi điều khiển Luigi trong suốt trò chơi. Vào đầu trò chơi, Luigi và khủng long Yoshi đang ở trong lâu đài của Bowser và Luigi có quyền truy cập vào PORTALS, cho phép anh ta dịch chuyển đến các thành phố nơi Koopas đang hoạt động. Người chơi có thể xem bản đồ của thành phố mà Luigi đang ở. cũng như một bản đồ thế giới được gọi là Globulator. Người chơi có thể sử dụng Globulator để điều khiển các chuyển động của Yoshi trên toàn thế giới, điều cần thiết để tái hợp Yoshi với Luigi. Người chơi có quyền truy cập vào một máy tính theo dõi các manh mối khác nhau được học trong suốt trò chơi, bao gồm thông tin thu được từ việc nói chuyện với mọi người trong thành phố mà Luigi ghé thăm và các cuốn sách nhỏ về các địa danh đã bị đánh cắp từ họ.